由于担心有害细菌可能从口腔进入人体，医学专家警告电子烟用户不正确清洁电子烟设备可能产生卫生问题。
研究娱乐性药物使用的大学学者苏西·盖奇（Suzi Gage）说，与吸入蒸汽有关的湿气可能会藏匿细菌。她建议，如果电子烟或抽气筒没有得到足够的定期清洁，可能会导致用户生病。
盖奇说，人们对尼古丁的健康风险知之甚少。她说：“我们知道烟草对健康的危害是什么，它是烟草中的焦油、一氧化碳、甲醛、重金属和数十种甚至数百种致癌物质。”。
“这些东西要么不存在于电子香烟中，它们本身不含烟草，要么它们可能存在，但数量级低于香烟。现在这并不意味着电子烟是无害的，因为吸入加热的蒸汽可能有其他方面的风险，我们还不知道。
“例如，与蒸汽有关的湿气可能会藏匿细菌，特别是当这些设备被重复使用而不是像香烟那样一次性使用时。如果你是一个电子烟的使用者，你可以考虑一下你多久清洗一次你放在嘴里的吸管。”
